西暦2016年、地球規模の大災害により陸地の一部が海底に沈んでしまった。それから20年後、世界では先の大災害により海底に失われてしまった国家や企業のデータ・物品の回収が目的の、「サルベイジャー」と呼ばれる新しい職業が活躍していた。その中でも皇 藍華は、抜群の美貌と格闘センス、冷静な判断力を合わせ持つ超一流のサルベイジャーである。ある日、藍華は某クライアントから、先の大災害と関わりのあるエネルギー物質「ラグ」の調査・回収を依頼される。しかしその途中で、ラグを利用しての人類文明一掃とユートピア建設を画策するルドルフ・ハーゲンや妹のネーナ、そしてその配下のデルモ達との戦闘に巻き込まれてしまう。

近未来，人类科技空前进步。与此同时，邪恶也在世界范围内肆意蔓延。拥有优秀科学家团队和先进机械研发技术的机械皇帝妄图称霸世界。他建立起一个庞大的机器王国，下面的战士配有名为“B'T”高智能机器人。凭借于此，机械王国所向披靡，无往不利。在机械皇帝之下另有四个地位尊贵显赫的四灵将，四灵将之一华莲偶然得知机械皇帝的真面目，于是带着她的B'T逃脱，最终她隐居在神居岛，担任少年铁兵的教练。

　　5年后，铁兵的兄长——天才机械科学家钢太郎在某国的机械博览会上遭到机械皇帝的绑架。铁兵为救兄长秘密潜入机械王国，偶然机会更使华莲早已报废的B'T复活，并将之命名为B'T X。这对搭档开始向着神秘、强大的机械王国进发。在这一过程中，机械皇帝的真面目也逐渐被揭开……

近未来，人类科技空前进步。与此同时，邪恶也在世界范围内肆意蔓延。拥有优秀科学家团队和先进机械研发技术的机械皇帝妄图称霸世界。他建立起一个庞大的机器王国，下面的战士配有名为“B'T”高智能机器人。凭借于此，机械王国所向披靡，无往不利。在机械皇帝之下另有四个地位尊贵显赫的四灵将，四灵将之一华莲偶然得知机械皇帝的真面目，于是带着她的B'T逃脱，最终她隐居在神居岛，担任少年铁兵的教练。

　　5年后，铁兵的兄长——天才机械科学家钢太郎在某国的机械博览会上遭到机械皇帝的绑架。铁兵为救兄长秘密潜入机械王国，偶然机会更使华莲早已报废的B'T复活，并将之命名为B'T X。这对搭档开始向着神秘、强大的机械王国进发。在这一过程中，机械皇帝的真面目也逐渐被揭开……

2131年，地球爆发大规模的世界大战，各大主要城市尽成废墟，人们流离失所。讽刺的是，这场摧毁人类文明的大战最终没有任何战胜国。幸存的人类将原来的综合管理机构改造成名为奥林帕斯的基地，以此作为幸存者的理想国。
　　少女琉南•纳兹在一座废弃城市与火力强大的人造人展开激烈战斗，危急时刻，她的前男友布里亚留斯和美丽女孩瞳带领奥林帕斯的小分队赶来营救。布里亚留斯之前在北非战场失去大部分身体，如今也被改造成机械加身的人造人。结束了枕戈待旦的日子，琉南开始迎来平静祥和的生活。她发现奥林帕斯的科技极为发达，而这里相当数量的人类是人造人。这座过分祥和的理想国让琉南心有不安，它的背后似乎隐藏着不为人知的秘密

柯南、灰原及少年侦探队成员步美、光彦、元太随博士这日露营完毕，绕道参观西多摩市新建于富士山前的日本第一双塔摩天大楼，毛利小五郎恰也应双塔所有者、他的学妹常盘美绪之邀，携小兰、园子参加开幕典礼。美绪介绍下，他们认识以画富士山闻名的画师如月峰水、市议员大木岩松、双塔的设计者风间英彦（森谷帝二的弟子，第一弹《引爆摩天楼》中，森谷曾向新一挑战）、天才程序员原。期间灰原的举动异常。大木提前入住B塔被害，目暮警官着手调查发现他与美绪似有不同寻常关系，不久原亦被杀害于家中。因为现场都留有与日本画画师作画时所用的乳钵相似的小酒杯碎片，两起案件似系一人所为。柯南由小酒杯联想到灰原曾效力的、以酒名为绰号的黑暗组织，并注意到第二起案件中碎片上未沾染血迹。与此同时他找到灰原举动异常的原因，却发现她正被人追踪。而园子玩笑弄的发式令她像极了雪莉（灰原）。开幕酒会上，美绪向宾客展示如月最为宝贵的富士山画作时被杀，死相正如横亘在富士山正中的双塔的缩影图，她的身下也有一个小酒杯，不过却是完好的。地上一颗原本该呆在美绪脖子上的珍珠令柯南将目光转向如月。紧接，A楼美绪公司电脑档案所在的楼层及地下配电室发生爆炸。逃亡时刻，柯南注意到正有一支枪瞄准园子，心中给出了所有疑问的答案，但他及小兰等人最迫切需要解决的却是如何从火海逃脱。

为追踪4名血继限界继承者的下落，小樱（中村千絵 配音）、漩涡鸣人（竹内顺子 配音）、卡卡西（井上和彦 配音）和佐井奉命前往。但在岩隐和草隐交界的须弥山失去目标，鸣人和佐井也身受重伤。在此之后，自称卑留呼（保志総一朗 配音）的前木叶村忍者单方面宣战，他之前因修习鬼芽罗术而被逐出木叶，而今他企图集齐5个血继限界成为不死的完美忍者，进而发起第四次忍界大战。在此危急时刻，卡卡西感受到来自卑留呼的召唤。失去最重要的导师，鸣人、木叶村乃至忍者诸国面临前所未有的挑战……
　　本片为漫画家岸本齐史的同名原著的剧场版。

十多年前一只拥有巨大威力的妖兽“九尾妖狐”袭击了木叶忍者村，当时的第四代火影拼尽全力，以自己的生命为代价将“九尾妖狐”封印在了刚出生的鸣人身上。木叶村终于恢复了平静，但村民们却把鸣人当成像“九尾妖狐”那样的怪物看待，所有人都疏远他。鸣人自小就孤苦无依，一晃十多年过去了，少年鸣人考入了木叶村的忍者学校，结识了好朋友佐助和小樱。佐助是宇智波家族的传人之一，当他还是小孩的时候他的哥哥——一个已经拥有高超忍术的忍者将他们家族的人都杀死了，然后投靠了一直想将木叶村毁灭的大蛇丸，佐助自小就发誓要超越哥哥，为家族报仇。鸣人他们在忍者学校得到了教官卡卡西的精心指点，在他的帮助下去迎接成长中的一次又一次挑战！

故事开始于四百多年前的日本战国时代。阳炎（三石琴乃 配音）将自己的儿子烈火（冈野浩介 配音）传送到了现代，和烈火一起穿越时空的还有他同父异母的哥哥红丽（置鲇龙太郎 配音）。之后，遭到了诅咒的阳炎就一直在寻找自己的孩子。如今的烈火是一名十六岁的高中生，唯一与众不同的地方就是他能从手心处燃起火焰而不被灼伤。一次偶然中，烈火邂逅了名为佐古下柳（增田由纪 配音）的女孩，柳和烈火一样异于常人，她拥有能够治愈伤口的超能力。就这样，烈火成为了对柳忠心耿耿的忍者，这让一直默默喜欢着烈火的雾泽风子（平松晶子 配音）感到十分不快，风子内心的黑暗情绪让她成为了影法师的傀儡，站到了烈火的对立面。